📜  使用 Pydicom 和 Matplotlib 查看 DICOM 图像

📅  最后修改于: 2022-05-13 01:54:21.355000             🧑  作者: Mango

使用 Pydicom 和 Matplotlib 查看 DICOM 图像

先决条件: Matplotlib

DICOM 代表医学数字成像和通信。引入 DICOM 文件是为了保持不同类型的医学图像模式之间的一致性。它是查看、存储、共享和检索医学图像的标准格式。

Python提供了一个强大的模块pydicom来处理 DICOM 文件,例如医学图像、报告和放射治疗对象。 pydicom在 DICOM 文件中读取修改和写入数据。

安装

在命令提示符中运行以下命令:

pip install dicom
pip install matplotlib

pydicom 使我们能够处理 DICOM 文件,在本文中,我们将讨论使用 pydicom 和 matplotlib 查看 DICOM 文件的机制。为了读取 DICOM 文件,我们使用 pydicom 包并使用 matplotlib 查看结果。

方法

  • 导入模块
  • 使用pydicom.data.data_manager.get_files()方法读取 DICOM 文件
  • 提供 2 个参数:base 和 pattern
  • 将数据显示为图像,即在 2D 规则栅格上。
  • 显示图像

注意:在变量名的基础中输入不包括文件名的 dcm 文件的位置,并在 pass_dicom 变量中输入文件名。在这种情况下,文件存储在名为 dicom_image 的目录中,如下所示:

从这里下载 dcm 文件并将其重命名为:1-12.dcm

将地址栏中显示的路径与变量 base 和 pass_dicom 中存储的值进行比较

程序:

Python3
import matplotlib.pyplot as plt
import pydicom
import pydicom.data
  
# Full path of the DICOM file is passed in base
base = r"C:\Users\Ajit Gupta\Documents\dicom image"
pass_dicom = "1-12.dcm"  # file name is 1-12.dcm
  
# enter DICOM image name for pattern
# result is a list of 1 element
filename = pydicom.data.data_manager.get_files(base, pass_dicom)[0]
  
ds = pydicom.dcmread(filename)
  
plt.imshow(ds.pixel_array, cmap=plt.cm.bone)  # set the color map to bone
plt.show()


输出: