终端中的 vmd - Shell-Bash

介绍

vmd是一款用于分子动力学模拟和可视化的软件，支持各种不同的分子和模拟类型，包括蛋白质、核酸、脂质、碳纳米管等。在Shell或 Bash终端中使用vmd可以执行各种命令和操作，让用户可以通过脚本定制各种自动化流程。

安装

在Linux操作系统中安装vmd非常简单，只需执行以下命令即可：

sudo apt-get install vmd

对于其他操作系统的用户，可以在vmd官网上下载适用于其操作系统的安装程序进行安装。

使用

在终端中使用vmd时，必须先启动vmd的图形界面，然后可以通过命令行执行各种命令和操作。以下是一些常用命令：

打开并加载分子结构

vmd myprotein.pdb myprotein.dcd

此命令将打开一个图形用户界面，加载分子结构并启动程序。其中，myprotein.pdb是分子的结构文件，myprotein.dcd是分子的动力学模拟文件。

自动化流程

vmd还可用于执行一些自动化流程，例如将多个文本文件合并成一个文件，可以这样使用：

vmd -dispdev text -e merge.tcl -args file1 file2 file3 > outputfile

其中，-dispdev text选项指定将输出重定向到文本文件，-e merge.tcl选项指定在tcl脚本文件中执行自动化流程，-args file1 file2 file3表示传递三个文件名作为脚本参数，> outputfile将输出结果定向到名为outputfile的文件中。

总结

vmd是一款强大的分子动力学模拟和可视化软件，在终端中使用vmd可以执行各种命令和操作。本文介绍了vmd的安装和一些常用命令，希望对读者有所帮助。